本日、記載された方法でアップデートが無事出来ました。
良かったです。
将来的には、本家のwordpress2.9+XPressME Integration Kit に移行を考えた方が良いということでしょうか?
長い目でみるのなら、UTF-8へ移行しても損はないと思います。
ただ、サイトを移行するなら、ついでにUTF-8化もどうですか? などという、あくまでも個人的な所感ですので、気になさらないでください。
WPのデータベースをEUC-JPからUTF-8に移行する際には、文字コードの変換だけではすまない部分もありますので、移行される際には、改めてお問い合わせください。